Esto le hizo perder terreno como titular, disminuyendo su participación considerablemente frente a temporadas pasadas. Zabaleta tuvo una participación crucial en este hecho, ya que anotó el primer gol en la dramática victoria del City por 3-2 sobre el Queens Park Rangers en la última jornada, asegurando el título. El término «complutense» hace referencia a «Complutum», el nombre romano de la ciudad de Alcalá de Henares situada al Noreste de Madrid, ya que fue fundada allí en 1499. Durante las desamortizaciones de 1836 la universidad se mudó a Madrid, con su personal, bibliografía e incluso parte del mobiliario. No obstante, sufrió una grave lesión en el hombro durante un entrenamiento, tras un encontronazo con un compañero de equipo, y tuvo que ser operado; por lo que estuvo inactivo casi tres meses. Fue en la edición de 1960-61 cuando el C. F. Barcelona se convirtió en el primer equipo en eliminar al Real Madrid C. F., no sin polémica, tras anulársele a estos últimos en el partido de vuelta tres goles y no concederles el árbitro de la contienda un gol fantasma, circunstancia que permitió finalmente a los azulgranas alcanzar su primera final en la competición en la que cayó derrotado frente al Sport Lisboa e Benfica portugués quien curiosamente vencería en la siguiente edición a los madrileños.

Este fue el único título del equipo, con una eliminación en la fase de grupos de la Liga de Campeones de la UEFA, una derrota en la final de la FA Cup frente al Wigan, donde Zabaleta fue titular y expulsado por doble amonestación, y el segundo puesto en la Premier League. De igual forma, en la FA Cup de 2009-10 no logró superar los octavos de final, debido a que cayó frente al Stoke City, donde, tras el empate 1-1, se tuvo que jugar un replay que el City perdió por 3-1 en la prórroga. En el inicio de la temporada 2015-2016 Zabaleta tuvo una lesión en la rodilla, lo que lo alejó de los campos por un tiempo. El año finalizó positivamente, ya que el club logró una excelente campaña de invierno, obteniendo una plaza, momentáneamente, para clasificarse a la Liga de Campeones. Mancini utilizó a Pablo no solo como defensor, sino muchas veces como mediocampista central o por la derecha por lo que demostró su la polifuncionalidad. En esta competición, el jugador apenas ingresó como suplente en uno de los cuatro partidos disputados por el Manchester City, que fue eliminado en dieciseisavos de final por el Sporting de Lisboa.

El Celta de Vigo ha cuajado un pésimo final de temporada que casi le cuesta el descenso. Tal fue la recuperación que el campeonato de 1977-78 se coloreó con rojo y blanco; el conjunto del Principado volvía a triunfar luego de 15 años en sequía. Nuevamente el Inter intentó ficharlo en verano con el objetivo de sustituir a Javier Zanetti en el momento de su retiro, además de un supuesto interés del Athletic Club, lo que pudo haber significado un hecho histórico para la institución vasca. Esta temporada dejó el primer partido televisado en directo al Real Murcia, el que disputó en el Estadio Metropolitano ante el Atlético de Madrid y que perdió 2 a 1. La campaña siguiente supuso un nuevo descenso a Segunda División, al finalizar decimoterceros y perder la promoción. Hacia mitad de temporada Mark Hughes fue destituido como entrenador ante los malos resultados, y en su lugar asumió Roberto Mancini, quién le devolvió la titularidad. Ante Uruguay asistió a Aníbal Moreno para el primer gol en lo que fue victoria por 2:1 por la cuarta fecha, logrando la clasificación al Mundial sub-20 de 2019 a disputarse en Polonia. Es así que jugó su primer partido de la temporada en la derrota 2-0 contra el Getafe CF.

En este sentido, en el primer partido por una definición, Zabaleta fue titular y completó el partido en el triunfo del Manchester City frente al Chelsea por 3-2 en la Community Shield. El equipo no mantuvo su fortaleza en el Estadio Olímpico Lluís Companys, que lo caracterizó en la primera parte del año, y tampoco se hizo fuerte de visitante, con lo que empezó a decaer en las posiciones de La Liga 2007-08, tienda deportivo guadalajara en este marco sufrió su primera expulsión como profesional. Debido a las colecciones artísticas que alberga es, junto con las Descalzas Reales, uno de los templos más destacados de la ciudad. Tras el «sí» de los compromisarios, la citada entidad -integrante de la Primera División de España- pasó así a convertirse en parte de pleno derecho del club en junio de 2020. Antes, instaladas en la Ciudad Real Madrid con un presupuesto estimado de dos millones y medio en su inicio, afrontó su primera temporada en el campeonato liguero con la idea de consolidarse. El 29 de agosto de 2008 dejó el Espanyol y pasó a formar parte del Manchester City Football Club inglés, mediante un traspaso de 8 000 000 de euros y con un contrato por 4 años.